Hyvä vs. paha: Romaani tutkii klassista hyvän ja pahan teemaa, jota edustavat Sherlock Holmes ja koira. Holmes ilmentää järjen ja päättelyn voimaa, kun taas koira symboloi pimeyden ja taikauskon voimia.
Ihmisen tila: Romaanissa käsitellään myös ihmisen tilaa, erityisesti pelon, syyllisyyden ja lunastuksen teemoja. Sir Henry Baskervilleä ahdistaa hänen perheensä kirous, kun taas tohtori Mortimer kamppailee syyllisyyden kanssa Sir Charles Baskervillen kuolemasta. Holmes kuitenkin edustaa ihmisälyn voittoa taikauskon ja pelon yli.