Yksi silmiinpistävimmistä asioista Holbeinin työssä on hänen symbolismin ja allegorian käyttö. Hän käytti usein esineitä ja hahmoja edustamaan abstrakteja käsitteitä tai ideoita, ja hänen maalauksensa ovat täynnä piilotettuja merkityksiä ja viittauksia. Esimerkiksi maalauksessaan "The Ambassadors" (1533) hän sisältää useita symboleja, jotka viittaavat ajan poliittisiin ja uskonnollisiin jännitteisiin. Esimerkiksi etualalla oleva kallo on muistutus elämän ohimenevyydestä, ja luuttu ja musiikkikirjat edustavat maailmankaikkeuden harmoniaa.
Holbein oli myös satiirin mestari, ja hänen työnsä on usein täynnä humoristisia ja kriittisiä yhteiskuntahavaintoja. Esimerkiksi maalauksessaan "Kuoleman tanssi" (1526-27) hän kuvaa Kuolemaa johtamassa kulkuetta kaikilta elämänaloilta, kuninkaista ja paaveista talonpoikiin ja kerjäläisiin. Maalaus on muistutus siitä, että kuolema on väistämätön ja ettei kukaan ole vapautettu siitä sosiaalisesta asemastaan tai varallisuudestaan riippumatta.
Holbeinin työ tarjoaa arvokkaan kurkistuksen pohjoisen renessanssin maailmaan. Hänen maalauksensa heijastavat aikakauden sosiaalisia, poliittisia ja uskonnollisia muutoksia ja tarjoavat ainutlaatuisen näkökulman tuon ajan ihmisiin ja tapahtumiin.