2. Kiinteä vaihe :Geelielektroforeesissa stationäärinen faasi on geeli (agaroosi tai polyakryyliamidi), kun taas paperikromatografiassa stationäärinen faasi on imukykyinen paperiarkki.
3. Aineiden erottelu :Erot liikkumisnopeuksissa paikallaan olevien faasien välillä erottavat aineet molemmissa tekniikoissa.
4. Visualisointi :Erottamisen jälkeen aineet visualisoidaan sopivilla värjäys- tai tunnistusmenetelmillä.