Tästä syystä:
* erilaiset pelit: Paper Mario on Nintendon kehittämä sarja roolipelejä, kun taas Pokemon Pearl on Nintendon kehittämä hirviökeräinen roolipeli. Ne ovat erillisiä pelejä, joissa on erilainen pelattavuus ja juoni.
* Ei merkin mukauttamista: Pokemon Pearl ei salli pelaajien luoda tai mukauttaa omaa hahmonsa olla paperi Mario. Pelaat kouluttajana, jolla on asetettu ulkonäkö.
et voi pelata suoraan Paper Mariona Pokemon Pearlissä, mutta voit silti nauttia molemmista peleistä heidän ainutlaatuisten kokemustensa vuoksi.