Espanjan Armada oli massiivinen laivasto, jonka Espanjan kuningas Philip II lähetti hyökkäämään Englantiin vuonna 1588. Drake oli yksi Armadan voittaneen englantilaisen laivaston komentajista.
2. Portugalin laivasto
Portugalin laivasto oli toinen suuri uhka Draken tutkimusmatkoille. Portugali oli siihen aikaan voimakas merivalta, ja sen laivasto oli hyvin varusteltu ja hyvin koulutettu. Drakella oli useita kohtaamisia Portugalin laivaston kanssa, ja hän oli usein enemmän kuin aseistettu.
3. Alkuperäisamerikkalaiset
Draken oli myös taisteltava intiaanien kanssa, jotka asuivat alueilla, joita hän tutki. Alkuperäisamerikkalaiset olivat usein vihamielisiä englantilaisia kohtaan, ja joskus he hyökkäsivät Draken aluksia vastaan.
4. Sää
Draken piti myös käsitellä säätä. Meret Etelä-Amerikan ympärillä voivat olla erittäin kovaa, ja Draken alukset joutuivat usein myrskyihin.
5. Sairaus
Sairaus oli jatkuva uhka Drakelle ja hänen miehistölle. Monet tropiikissa yleisistä taudeista olivat kohtalokkaita, ja Drake menetti monia miehiä taudeille.
6. Kapina
Vuonna 1578 Draken miehistö kapinoi häntä vastaan. Kapinaa johti Thomas Doughty, joka oli Draken toinen komentaja. Lopulta Doughty teloitettiin ja kapina tukahdutettiin.
Kaikista näistä esteistä huolimatta Drake pystyi suorittamaan maailmanympärimatkansa. Hän oli taitava merenkulkija ja rohkea tutkimusmatkailija, ja häntä pidetään yhtenä historian suurimmista merenkulkijoista.