St Charles Countyn virallinen lippu on kastanjanruskea ja valkoinen, ja siinä on näkyvä valkoinen ympyrä, jota vasten on kastanjanruskea risti. Kastanjanruskea väri edustaa rohkeutta, intoa ja intoa. Valkoinen väri symboloi puhtautta, totuutta ja uskoa. Näyttävä valkoinen risti symboloi läänin perintöä ja katolisen kirkon vaikutusta alueella varhaisista ranskalaisista siirtokunnista lähtien.