Hänen tiedetään kuitenkin perustaneen navigointikoulun Sagresissa, Portugalissa, 1500 -luvulla. Tämä koulu, joka ei ollut muodollinen instituutio, vaan pikemminkin oppimisen ja kokeilun keskus, oli tärkeä rooli Portugalin meritutkimuksen kehittämisessä. Se houkutteli tutkijoita, navigaattoreita, kartografeja ja laivanrakentajia, jotka työskentelivät yhdessä merenkulkutekniikoiden parantamiseksi ja suunnittelemaan parempia aluksia.
Joten vaikka prinssi Henry ei itse käynyt koulussa, hänelle tunnustetaan navigointikoulun perustaminen, joka oli ratkaisevan tärkeää etsinnän aikakaudelle.