Elokuvat:
* Pink Flamingos (1972): Waters näytteli "The Divine" -roolia tässä kulttiklassikkoelokuvassa.
* Desperate Living (1977): Hän esiintyi myös "The Divine" tässä elokuvassa.
* Polyesteri (1981): Waters näytteli "The Divine" -elokuvaa ja ohjasi myös tämän elokuvan.
* Hiuslakka (1988): Watersilla oli cameo levykaupan myyjänä tässä elokuvassa.
* Cry-Baby (1990): Hän esiintyi lyhyesti koulun rehtorina.
* Serial Mom (1994): Waters näytteli "The Divine" -roolia tässä elokuvassa.
* Pecker (1998): Hän esiintyi jälleen "The Divine" tässä elokuvassa.
* Likainen häpeä (2004): Waters näytteli "The Divine" -roolia tässä elokuvassa.
* Tämä saastainen maailma (2006): Hän esiintyi tässä dokumentissa elämästään ja työstään.
* Fruitvale Station (2013): Waters esiintyi uutistoimittajana.
* Talo, jonka Jack rakensi (2018): Waters näytteli pienen roolin tässä Lars von Trierin elokuvassa.
Televisio:
* Simpsonit (1991): Waters äänesti itsensä jaksossa "Homer Defined".
* South Park (1997): Hän myös äänesti itsensä jaksossa "Chef Aid".
* The Sopranos (2001): Watersilla oli cameo elokuvaohjaajana jaksossa "The Blue Comet".
* Arrested Development (2003): Hänellä oli pieni rooli jaksossa "The Immaculate Election".
* Larry Sanders Show (1992-1998): Waters esiintyi muutaman kerran itseään tässä esityksessä.
* Ugly Betty (2006-2010): Hän esiintyi itsensää jaksossa "Ugly Betty's World".
* RuPaul's Drag Race (2010-tähden): Waters on esiintynyt useita esiintymiä vierailevana tuomarina tässä ohjelmassa.
Vaikka hänen esiintymisensä muissa projekteissa on rajoitettua, John Waters on tunnetuin omista ainutlaatuisista ja vaikutusvaltaisista elokuvistaan.