Laulun moraalinen tarkoitus on muistuttaa kuuntelijaa siitä, että vaikeissakin asioissa on aina jostain kiitollinen. Laulu rohkaisee arvostamaan elämän yksinkertaisia asioita ja löytämään toivoa pimeyden keskeltä. Se viittaa myös siihen, että meidän ei pitäisi pelätä pyytää apua, kun sitä tarvitsemme, ja että on ihmisiä, jotka välittävät meistä ja haluavat tukea meitä.
Laulun viesti toivosta ja sinnikkyydestä on erityisen tärkeä nykymaailmassa, joka voi usein tuntua ylivoimaiselta ja epävarmalta. "Fireflies" muistuttaa, että pimeimpinäkin aikoina valoa löytyy aina.