Monsters Universityn juoni on seuraava:
James P. "Sully" Sullivan ja hänen paras ystävänsä Michael "Mike" Wazowski hyväksytään Monsters Universityyn. He molemmat haluavat liittyä Roar Omega Roariin (ROR), pelottavimpaan veljeskuntaan, mutta heidät hylätään, koska he eivät ole tarpeeksi pelottavia. He liittyvät Oozma Kappaan (OK), veljeskuntaan, joka koostuu sopimattomista ja syrjäytyneistä. Sullysta ja Mikesta tulee läheisiä ystäviä ja he oppivat työskentelemään yhdessä. He oppivat myös, että pelottelu ei ole elämän tärkein asia; Ystävyys ja ryhmätyö ovat tärkeämpiä.