todellisuus vs. illuusio: Keskeinen teema on todellisuuden luonne ja onko käsitys siitä tarkka. Matriisi esittelee maailman, jossa ihmiset ovat tietämättömästi loukussa koneiden ohjaamassa simuloidussa todellisuudessa, kyseenalaistaen rajat todellisen ja simuloidun välillä.
vapaa tahto ja valinta: Elokuva tutkii vapaan tahdon ajatusta ja kuinka helposti sitä voidaan manipuloida. Hahmot tarttuvat valintansa seurauksiin ja potentiaaliin sekä henkilökohtaiseen vapautumiseen että yhteiskunnalliseen muutokseen.
ihmisen tila: Matriisi tutkii ihmisluontoa ja selviytymisen, identiteetin ja tarkoituksen kamppailuja. Siinä tutkitaan eristyneisyyden, vieraantumisen ja merkityksen etsimistä näennäisesti merkityksettömässä maailmassa.
tekniikka ja hallinta: Elokuva herättää huolenaiheita edistyneen tekniikan mahdollisista vaaroista ja sen kyvystä hallita ja manipuloida ihmiskuntaa. Se varoittaa koneiden mahdollisuuksia tulla voimakkaammiksi kuin ihmiset ja hallitsee yhteiskuntaa.
Totuuden luonne: Elokuva haastaa katsojat kyseenalaistamaan, mitä he uskovat olevan totta, ja harkitsemaan vaihtoehtoisen todellisuuden mahdollisuutta. Hahmot pakotetaan kohtaamaan omat puolueellisuutensa ja oletuksensa, ja lopulta selvittää totuuden etsimisen tärkeys.
uskomuksen voima: Matriisi korostaa yksilöllisten uskomusten merkitystä ja niiden vaikutusta todellisuudesta. Elokuva viittaa siihen, että uskomuksen voimaa voidaan käyttää esteiden voittamiseen ja näennäisesti mahdottomien tavoitteiden saavuttamiseen.
Viime kädessä Matrix on elokuva, joka kutsuu katsojia ajattelemaan kriittisesti ympäröivää maailmaa ja kyseenalaistamaan oman todellisuuden luonteen.