- Newbery Honor Award -palkinto elokuvalle "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2011)
- Theodor Seuss Geisel Honor Award elokuvasta "Stink and the Ultimate Showdown" (2009)
- Kalifornian nuoren lukijan mitali "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2012)
- Rhode Islandin lastenkirjapalkinto "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2012)
- Georgia Children's Book Award -palkinto teokselle "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
- Iowa Children's Choice -palkinto elokuvasta "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
- Keystone State Reading Associationin lastenkirjapalkinto "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
Näiden lisäksi Megan McDonald on saanut tunnustusta myös American Library Associationilta, Children's Book Writers and Illustraators -järjestöltä ja National Education Associationilta hänen panoksestaan lastenkirjallisuudessa.