Tieteelliset kunnianosoitukset:
* Copley-mitali (1874) :Lontoon Royal Society, yksi maailman arvostetuimmista tieteellisistä palkinnoista, on myöntänyt hänen työstään käymisen ja taudinaiheuttajien teorian parissa.
* Rumford-mitali (1874) :Lontoon Royal Societyn myöntämä palkinto hänen tutkimuksestaan valon polarisaatiosta ja sen sovelluksista.
* Albert-mitali (1881) :Royal Society of Arts myöntänyt hänen panoksestaan kansanterveyteen ja sairauksien ehkäisyyn.
* Knight of the Legion of Honor (1853) :Arvostettu ranskalainen kunnianosoitus, joka myönnetään henkilöille, jotka ovat antaneet merkittävän panoksen kansakunnan hyväksi.
* Kunnialegioonan suurristi (1881) :Kunnialegionin korkein arvo, tunnustus Pasteurin poikkeuksellisista saavutuksista.
* Ranskan tiedeakatemian jäsen (1862) :Yksi Ranskan korkeimmista tieteellisistä kunnianosoituksista.
* Royal Societyn ulkomaalainen jäsen (1869) :Kunnia tunnustus hänen panoksestaan tieteeseen Ison-Britannian ulkopuolella.
Muut palkinnot:
* Ranskan tiedeakatemian palkinto (1856) :Palkittu käymistyöstään.
* Pariisin tiedeakatemian palkinto (1862) :Palkittu työstään taudin bakteeriteorian parissa.
Näiden erityisten palkintojen lisäksi Pasteur sai myös lukuisia muita kunnianosoituksia ja tunnustuksia uransa aikana, mikä vahvisti hänen perintöään yhtenä 1800-luvun vaikutusvaltaisimmista tiedemiehistä.