* Légion d'honneur (kunnialegioona) , Ranskan korkein ansiomerkki, myönnettiin hänelle vuosina 1878 ja 1881.
* Copley-mitali (1874) , yksi Lontoon Royal Societyn vanhimmista ja arvostetuimmista tieteellisistä palkinnoista.
* Albert-mitali (1882) , jonka Royal Society of Arts on myöntänyt tunnustuksena hänen erinomaisesta panoksestaan tieteeseen ja teknologiaan.
* Hänet valittiin myös useisiin arvostettuihin akatemioihin , mukaan lukien Ranskan tiedeakatemia, Lontoon Royal Society ja Académie Française.
Nämä ovat vain muutamia niistä monista palkinnoista ja kunnianosoituksista, jotka Louis Pasteur on saanut uransa aikana. Häntä pidetään laajalti yhtenä kaikkien aikojen tärkeimmistä tiedemiehistä, ja hänen työllään on ollut suuri vaikutus ihmisten terveyteen ja hyvinvointiin.