Tässä sarjassa päähenkilö Mikey Kudo ja hänen ystävänsä siirretään digitaaliseen maailmaan, ja heistä tulee side Digimon-kumppaneiden kanssa. Kuitenkin sen sijaan, että ne muuttuisivat suoraan, ne "fuusioituvat" Digimoniinsa, mikä johtaa ihmisen ja digimonin hybridimuotoon nimeltä "Fusion Fighters". Näin he voivat hyödyntää Digimonin kykyjä ja taistella heidän rinnallaan.
Sarja tutkii ystävyyden, ryhmätyön ja haasteiden voittamisen teemoja digitaalisen maailman vaaroissa.