Vaikka peli tutkii joitain hahmojen välisiä suhteita, Sonicin ja Amyn välillä ei ole romanttista alajuonta.
Sonic Chronicles:The Dark Brotherhood keskittyy ensisijaisesti Pimeyden veljeskunnan yleiseen tarinaan ja sen uhkaan maailmalle.
Jos olet kiinnostunut tutkimaan Sonicin ja Amyn välistä suhdetta, sinun kannattaa tutustua muihin Sonic-peleihin tai -mediaan, jossa niiden dynamiikka on näkyvämpi.