Koko romaanin ajan Jim ja hänen ystävänsä, mukaan lukien tohtori Livesey ja Squire Trelawney, lähtevät vaaralliselle matkalle löytääkseen aarteen Silverin miehistöltä. Konflikti kiihtyy, kun he kohtaavat erilaisia esteitä, kuten myrskyjä, petollista maastoa ja yhteenottoa merirosvojen kanssa. Lopullinen yhteenotto tapahtuu, kun merirosvot kapinoivat ja yrittävät ottaa aluksen hallintaansa, mikä johtaa huipputaisteluun Jimin ja hänen liittolaistensa välillä Silveriä ja hänen miehiään vastaan.
"Treasure Islandin" konfliktin ytimessä on vaurauden ja ahneuden tavoittelu sekä taistelu vallasta ja hallinnasta. Hahmojen motivaatiot ja toiveet asettavat heidät ristiriitaan keskenään, mikä luo jännitystä ja jännitystä tarinan edetessä. Lisäksi konflikti korostaa hyvän ja pahan teemaa, sillä Jim ja hänen ystävänsä edustavat rehellisyyttä ja uskollisuutta, kun taas Silver ja hänen miehistönsä ilmentävät petosta ja petosta.