Danny Phantomin lopussa Danny voittaa arkkivihollisensa Vlad Plasmiuksen ja pelastaa maailman hänen pahoilta suunnitelmiltaan. Hän onnistuu myös vapauttamaan vanhempansa Ghost Zonen alueelta, ja he yhdistyvät perheeksi. Danny ja hänen ystävänsä voivat palata normaaliin elämäänsä, mutta he ovat nyt tietoisia haamujen maailmasta ja siihen liittyvistä vastuista.
Sarja päättyy Dannyn ja hänen ystäviensä lentää auringonlaskuun valmiina kohtaamaan mitä tahansa eteen tulevia haasteita.