Sota alkaa, kun Portgas D. Ace, Whitebeard Piratesin toisen divisioonan komentaja ja Gol D. Rogerin, entisen merirosvokuninkaan, biologinen poika, jäävät merirosvojen vangiksi ja aiotaan teloittaa. Acen veli, Monkey D. Luffy, sarjan päähenkilö, ja hänen miehistönsä, Olkihattu Pirates, yrittävät pelastaa Acen, mikä johtaa yhteenottoon merijalkaväen kanssa.
Taistelun kiihtyessä mukana tulee voimakkaampia yksilöitä ja ryhmiä, mukaan lukien kolme merijalkaväen amiraalia, meren seitsemän sotapäällikköä ja jopa Whitebeard Piratesin entiset viholliset, jotka päättävät taistella heidän rinnallaan. Taistelulle on ominaista intensiiviset taistelut, petokset ja henkilökohtaiset uhraukset, koska molemmat osapuolet kärsivät raskaita tappioita.
Paramount Warilla on useita merkittäviä seurauksia One Piece -maailmalle. Se muuttaa merivoimien ja merirosvojen miehistön välistä voimatasapainoa, mikä johtaa uuteen piratismin aikakauteen. Se paljastaa myös tärkeitä tietoja One Piece -universumin historiasta ja salaisuuksista, mukaan lukien Paholaisen hedelmien todellinen luonne ja muinaisten aseiden olemassaolo.
Kaiken kaikkiaan Paramount War on keskeinen tapahtuma One Piece -tarinassa, joka muokkaa sarjan tulevaisuutta ja jolla on pysyviä vaikutuksia hahmoihin ja heidän asumaansa maailmaan.