Vuonna 1989 Christian Brando astui Los Angelesin oikeuteen saadakseen syytteen murhasta. Hänet tuomittiin Dag Drolletin hakkaamisesta kuoliaaksi vuonna 1990 ja hänet tuomittiin 10 vuodeksi vankeuteen. Drollet oli Brandon sisarpuoli Cheyennen poikaystävä.
Murhatuomion jälkeen Brandon elämä jatkui alaspäin huumeiden väärinkäyttöön ja itsensä tuhoamiseen. Hän oli vangittuna vuoteen 1996 asti, jolloin hänet vapautettiin ennenaikaisesti suoritettuaan alle puolet 10 vuoden tuomiosta.
Tammikuussa 2005 Brando pidätettiin uudelleen, tällä kertaa väitetysti varastaneen 2 miljoonan dollarin arvosta koruja omalta äidiltään. Häntä vastaan nostetut syytteet hylättiin myöhemmin.
Vuoden 2006 lopulla Christian Brando joutui sairaalaan keuhkotulehduksen jälkeen. Myöhemmin hänellä diagnosoitiin keuhkokuume ja hänet siirrettiin UCLA Medical Centeriin Los Angelesiin, Kaliforniaan.
Christian Brando kuoli 26. tammikuuta 2008 UCLA Medical Centerissä 49-vuotiaana. Kuolinsyy oli keuhkokuume ja maksan vajaatoiminnan komplikaatiot.
Brandon kuolema 49-vuotiaana merkitsi surullista ja traagista loppua elämälle, joka saattoi olla täynnä niin paljon lupauksia ja mahdollisuuksia. Sen sijaan se oli elämä, jonka riippuvuus ja väkivalta katkaisivat traagisesti.