Sirius Blackin pako: Kirja alkaa uutisella, että vaarallinen rikollinen ja Harryn kummisetä Sirius Black on paennut Azkabanin vankilasta. Blackin huhutaan olevan Harryn perässä, mikä lisää uuden tason pelon jo ennestään stressaavaan ympäristöön.
Uudet opettajat ja salaperäinen vanki: Tylypahkaan saapuu kaksi uutta opettajaa:Remus Lupin, puolustaja pimeyttä vastaan, ja professori Trelawney, ennustamisen opettaja. Sillä välin linnassa pidetään salaperäistä vankia, jonka oletetaan olevan Sirius Black.
Suojelijan viehätys: Harry oppii Remus Lupinilta tehokkaan Patronus Charmin, joka auttaa häntä torjumaan dementoreita, Azkabanin vartijoita, jotka ovat vetäneet hänen suruaan ja pelkoaan.
Totuus Sirius Blackista: Erilaisten vihjeiden ja kohtaamisten kautta Harry löytää totuuden Sirius Blackista. Häntä syytettiin väärin Harryn vanhempien pettämisestä Lord Voldemortille, ja hänen todellinen tehtävänsä oli suojella Harrya.
Totuuden näkeminen: Harryn on kohdattava totuus vanhempiensa kuolemasta ja Sirius Blackin todelliset motiivit sekä hänen Harrylle aiheuttamansa vaara.
Ajankääntäjä: Hermione käyttää Time-Turneria palatakseen ajassa taaksepäin ja pelastaakseen Sirius Blackin ja Buckbeakin, virheellisesti kuolemaan tuomitun hippogriffin. Tämä johtaa sarjaan tapahtumia, jotka muuttavat tarinan kulkua.
Dementoreita kohtaaminen: Harry, Ron ja Hermione kohtaavat ryhmän dementoreita, jotka käyttävät suojelijan charmia puolustaakseen itseään.
Todellinen uhka: Paljastetaan, että Peter Pettigrew, jonka kaikki luulivat kuolleeksi, on todella elossa ja on elänyt naamioituneena Ronin lemmikkirotiksi, Scabbersiksi. Pettigrew on se, joka petti Harryn vanhemmat, ei Sirius Black.
Finaali: Kun totuus on paljastettu ja todellinen vaara paljastettu, Harry, Ron ja Hermione kohtaavat Peter Pettigrew'n ja pelastavat Sirius Blackin prosessissa. Vuosi päättyy helpotuksen tunteeseen ja uuteen ymmärrykseen.
Avainteemat: Kirja käsittelee teemoja pettämisestä, ystävyydestä, oikeudenmukaisuudesta ja menneisyyden kohtaamisesta. Se esittelee myös uusia hahmoja, maagisia olentoja ja laajentaa taikuuden maailmaa.