Marty löytää Shilohin puuhun sidottuna, selvästi laiminlyötynä ja huonosti kohdeltuna, ja hän kehittää vahvan siteen eläimeen. Shiloh kuuluu kuitenkin Judd Traversille, julmalle ja väkivaltaiselle omistajalle, joka aluksi kieltäytyy myymästä koiraa Martylle. Martyn halu pelastaa Shiloh sen väkivaltaisista olosuhteista saa hänet konfliktiin Juddin ja hänen poikansa kanssa, jotka uhkailevat ja pelottelevat Martya estääkseen häntä puuttumasta asiaan.
Konflikti kiihtyy, kun Marty päättää viedä Shilohin kotiin ja piilottaa hänet Juddin käskyjä vastaan. Juddin jahtaaessa säälimättömästi Shilohin paluuta Marty kohtaa kasvavaa painetta ja moraalisia ongelmia. Martyn ystävyys luokkatoverinsa Dara Lynnin kanssa auttaa häntä pitämään huolta Shilohista ja salaamaan koiran olinpaikan, mutta Marty kamppailee myös Juddin kiinnijäämispelon ja siitä mahdollisesti seuraavien seurausten kanssa.
"Shilohin" keskeinen konflikti pyörii Martyn myötätuntoisen luonteen ja Juddin tuntemattoman piittaamattomuuden välillä eläinten hyvinvoinnista. Se herättää tärkeitä kysymyksiä eläinten eettisestä kohtelusta, omistajuuden luonteesta ja siitä, kuinka kauan viatonta olentoa tulee suojella vahingoilta. Tarina tutkii teemoja rohkeudesta, uskollisuudesta sekä ihmisten ja eläinten välille muodostuneista siteistä, jotka kaikki on kudottu pikkukaupungin yhteisöön ja oikeuden puolesta käytävään taisteluun.