- Moraali ja hyödyllisyys (1891):Tässä kirjassa Thomson väittää, että moraali perustuu hyödyllisyyteen eli onnen maksimoimisen ja kivun minimoimisen periaatteeseen. Hän puolustaa tätä kantaa erilaista kritiikkiä vastaan, mukaan lukien syytös siitä, että se johtaa egoismiin ja ettei se voi selittää tiettyjen tekojen moraalista merkitystä.
- Utilitaristinen lain teoria (1893):Tässä työssä Thomson soveltaa hyödyllisyysperiaatetta oikeusfilosofiaan. Hän väittää, että laki tulisi suunnitella edistämään suurimman joukon ihmisiä suurinta onnellisuutta ja että tätä periaatetta tulisi käyttää oikeudellisten sääntöjen ja päätösten tulkinnassa ja arvioinnissa.
- Poliittinen etiikka (1895):Tässä kirjassa Thomson käsittelee poliittisten instituutioiden eettisiä perusteita. Hän väittää, että valtio on perusteltu keino edistää ihmisten hyvinvointia ja että paras hallintomuoto on sellainen, joka parhaiten saavuttaa tämän tavoitteen.
- Pahuuden ongelma (1910):Tässä teoksessa Thomson käsittelee kysymystä, miksi maailmassa on pahaa, jos Jumala on olemassa. Hän väittää, että paha ei ole ristiriidassa hyväntahtoisen Jumalan olemassaolon kanssa ja että se voidaan selittää vapaan tahdon periaatteella ja ihmisten rajallisella luonteella.
- Muinaisen filosofian historia (1921):Tämä kirja tarjoaa kattavan yleiskatsauksen filosofian historiasta muinaisista kreikkalaisista keskiaikaan. Thomson käsittelee tämän ajanjakson suurimpia filosofeja ja filosofisia liikkeitä ja analysoi heidän panoksiaan filosofiaan.
Nämä ovat vain muutamia Francis Paul Thompsonin kirjoittamista teoksista. Hän oli tuottelias kirjailija ja hänen teoksillaan on ollut merkittävä vaikutus moraalisen ja poliittisen filosofian kehitykseen.