Tässä on joitain Émile Rouxin tärkeimpiä löytöjä ja panoksia:
1. Difteriatoksiini :Roux ja Alexandre Yersin havaitsivat, että bakteeri Corynebacterium diphtheriae tuottaa toksiinia, joka on vastuussa kurkkumätäoireista. Tämä löytö oli merkittävä läpimurto taudin patogeneesin ymmärtämisessä.
2. Difterian antitoksiini :Roux ja hänen kollegansa Pierre Paul Émile Roux osoittivat lisäksi, että hevoset voidaan immunisoida kurkkumätä vastaan ruiskuttamalla niihin myrkkyä. Immunisoitujen hevosten seerumin havaittiin sisältävän vasta-aineita, jotka voisivat neutraloida toksiinin ja suojata kurkkumätäinfektiolta. Tämä johti kurkkumätäantitoksiinin kehittämiseen, uraauurtavaan difterian hoitoon, joka vähensi merkittävästi taudin kuolleisuutta.
3. Pastörointi :Roux työskenteli tiiviisti Louis Pasteurin kanssa, joka tunnetaan uraauurtavastaan pastöroinnin alalla. Roux antoi merkittävän panoksen pastöroinnin käytännön sovelluksiin osoittaen sen tehokkuutta elintarvikkeiden säilyttämisessä ja tautien leviämisen estämisessä maidon kautta.
4. Roux-Chamberland-suodatin :Roux kehitti yhdessä kollegansa Charles Chamberlandin kanssa Roux-Chamberland-suodattimen, eräänlaisen keraamisen suodattimen, jota käytetään bakteerien ja muiden mikro-organismien poistamiseen nesteistä. Tällä suodattimella oli ratkaiseva rooli mikrobiologisissa tekniikoissa, mikä mahdollisti mikro-organismien erottamisen tutkimusta ja puhdistusta varten.
5. Pasteur-instituutti :Rouxilla oli vaikutusvaltainen rooli Pasteur Instituten, Pariisin tunnetun tutkimuslaitoksen, perustamisessa ja kehittämisessä. Hän toimi instituutin johtajana vuodesta 1895 eläkkeelle siirtymiseensä vuonna 1933. Hänen johdollaan Pasteur-instituutista tuli johtava mikrobiologian, immunologian ja muun biolääketieteen tutkimuskeskus.
Roux'n löydöt ja panokset edistivät suuresti mikrobiologian alaa ja niillä oli syvällinen vaikutus tartuntatautien ehkäisyyn ja hoitoon. Hänet muistetaan bakteriologian ja immunologian edelläkävijänä, ja hänen työnsä vaikuttaa edelleen lääketieteelliseen tutkimukseen ja käytäntöön.