Yksi näytelmän ilmeisimmistä piirteistä, joka herättää kysymyksiä uskonnollisesta suvaitsevaisuudesta, on Shylockin, juutalaisen rahanlainaajan, esittäminen. Shylock on kuvattu julmana ja ahneena miehenä, joka on pakkomielle rahasta ja kostaa Antoniolle, kristitylle kauppiaalle, joka on tehnyt hänelle vääryyttä. Hän ilmentää monia negatiivisia stereotypioita, jotka olivat vallalla juutalaisista Shakespearen aikana, ja hänen hahmoaan on usein tulkittu antisemitistiksi.
Toisaalta näytelmässä on hetkiä, jotka haastavat nämä stereotypiat ja ongelmattelevat ajatuksen uskonnollisista ennakkoluuloista. Esimerkiksi Antonio itse kamppailee omien ennakkoluulojensa kanssa juutalaisia kohtaan, ja hänen kohtelunsa Shylockia kohtaan osoittaa sekä halveksuntaa että myötätuntoa. Portia, näytelmän sankaritar, väittää armon ja anteeksiannon tärkeyden puolesta, ja lopulta hän suostuttelee Shylockin osoittamaan armoa Antoniolle. Monet kriitikot ovat pitäneet tätä kohtausta suvaitsevaisuuden ja ymmärryksen kutsuna.
Toinen näkökulma näytelmän asenteeseen uskonnollisesta suvaitsevaisuudesta on se, että se yksinkertaisesti heijastaa Shakespearen ajan sosiaalisia ja kulttuurisia todellisuutta. Antisemitismi oli juurtunut syvästi Euroopan kristilliseen yhteiskuntaan, ja Shakespearen olisi ollut vaikea esittää suvaitsevampaa näkemystä vaarantamatta sensuurin tai yleisön vieraantumista. Näin ollen näytelmää voitiin pitää enemmän oman aikansa tuotteena kuin Shakespearen omien uskomusten heijastuksena.
Kaiken kaikkiaan Venetsian kauppias on monimutkainen ja vivahteikas näytelmä, joka tarjoaa useita näkökulmia uskonnolliseen suvaitsevaisuuteen ja ennakkoluuloihin. Vaikka se sisältää joitakin antisemitistisiä elementtejä, se tarjoaa myös myötätunnon ja ymmärryksen hetkiä, jotka vaikeuttavat näytelmän sanoman lukemista. Lopulta näytelmä kutsuu katsojan pohtimaan uskonnollisen eron monimutkaisuutta ja tarkastelemaan kriittisesti omia ennakkoluulojaan.