Hän kuoli merellä vuonna 1677. Hänen kuolemansa tarkkaa syytä ei kuitenkaan ole tallennettu.
On tärkeää huomata, että valaanpyytäjän elämä 1600-luvulla oli vaarallista ja ankaraa. Yleisiä kuolinsyitä voivat olla:
* Onnettomuuksia merellä: Myrskyt, haaksirikot, putoaminen mastosta ja kohtaaminen valaiden kanssa olivat kaikki riskejä.
* Tauti: Keripukki, punatauti ja muut sairaudet olivat yleisiä pitkillä matkoilla.
* Väkivalta: Merirosvot ja kilpailevat valaanpyyntiryhmät voivat aiheuttaa uhkia.
Ilman tarkempia historiallisia tietoja voimme vain spekuloida Francis Folgerin kuoleman tarkasta syystä.