1. Konflikti ulkomaailman kanssa: Santiago kohtaa erilaisia ulkoisia esteitä koko matkansa. Näitä ovat:
* Aavikon vaarat: Hän kohtaa varkaita, ankaran sään ja jatkuvan kuivumisen ja nälänhädän uhan.
* Kulttuurierot ja ennakkoluulot: Hän kohtaa epäluuloa ja epäluottamusta eri kulttuureista ja taustoista tulevien ihmisten keskuudessa, erityisesti erämaassa.
* Omien pelkojensa ja epävarmuutensa voittamisen haaste: Tämä sisältää hänen pelkonsa menettää kaiken, hänen epäilynsä omista kyvyistään ja yhteiskunnallisten odotusten paineista.
2. Ristiriita hänen sisäisen itsensä kanssa: Santiago kokee merkittävän sisäisen kamppailun koko matkansa ajan kamppaillessaan:
* Hänen epäilyksensä ja pelkonsa: Hän kyseenalaistaa omat kykynsä ja unelmansa paikkansapitävyyden antaen usein periksi pelolle ja viivyttelylle.
* Mukavuuden ja turvallisuuden houkutus: Häntä houkuttelee hylkäämään matkansa ja palaamaan tuttuun elämäänsä uhraten unelmansa mukavan olemassaolon vuoksi.
* Taistelu uskonsa säilyttämiseksi: Santiagon on jatkuvasti muistutettava itseään uskostaan henkilökohtaiseen legendaan ja voitettava skeptisyys ja negatiivisuus, joka syntyy hänen omasta sisäisestä äänestään ja häntä ympäröivästä maailmasta.
Nämä sekä ulkoiset että sisäiset konfliktit kietoutuvat yhteen ja vaikuttavat kirjan yleisteemaan, joka on unelmien seuraamisen ja itsensä löytämisen matkan tärkeys.