Jotkut Slayerin kristinuskoa kriittisistä kappaleista ovat "Angel of Death", "South of Heaven" ja "Raining Blood". Nämä laulut sisältävät sanoituksia, jotka arvostelevat katolista kirkkoa, Raamattua ja jumalakäsitystä. On kuitenkin tärkeää huomata, että näitä kappaleita ei ole tarkoitettu otettavaksi kirjaimellisesti, ja että ne ovat vain taiteellisen ilmaisun muoto.
Jotkut uskonnolliset ryhmät ovat arvostelleet Slayerin musiikkia, koska he uskovat sen edistävän väkivaltaa ja vihapuhetta. Bändi on kuitenkin puolustanut musiikkiaan sanomalla, että se on Yhdysvaltain perustuslain ensimmäisen lisäyksen suojaama.
Kaiken kaikkiaan Slayer on kiistanalainen bändi, jota on kritisoitu antikristillisistä teemoistaan. Bändin jäsenet ovat kuitenkin itse todenneet, etteivät he ole antikristillisiä ja että heidän musiikkiaan ei ole tarkoitus ottaa vakavasti.