Bändin varhaiselle soundille oli ominaista nopeatempoiset punk rock -kappaleet synkillä ja usein poliittisilla sanoilla. He julkaisivat debyyttialbuminsa Answer That and Stay Fashionable vuonna 1995 ja sen jälkeen kaksi muuta albumia, Very Proud of Ya (1996) ja Shut Your Mouth and Open Your Eyes (1997).
Vuonna 1999 AFI julkaisi neljännen albuminsa Black Sails in the Sunset, mikä merkitsi poikkeamaa heidän aikaisemmasta soundistaan. Albumi oli kokeellisempi ja sisälsi elementtejä new wavesta, post-punkista ja elektronisesta musiikista. Black Sails in the Sunset oli kaupallinen menestys, ja se auttoi vakiinnuttamaan AFI:n yhdeksi punk rock -skenen suosituimmista bändeistä.
2000-luvun alussa AFI jatkoi soundinsa kokeiluja. He julkaisivat vielä kaksi albumia, The Art of Drowning (2000) ja Sing the Sorrow (2003), joilla molemmilla oli melodisempi ja helposti lähestyttävämpi soundi. Nämä albumit olivat myös kaupallisia menestyksiä, ja ne auttoivat tuomaan AFI:n laajemmalle yleisölle.
Vuonna 2006 AFI julkaisi seitsemännen albuminsa, Decemberunderground. Albumi oli suuri kaupallinen menestys, sillä se debytoi Billboard 200 -listan ykkösenä ja myi yli kaksi miljoonaa kappaletta maailmanlaajuisesti. Decemberunderground oli myös ehdolla parhaan rock-albumin Grammy-palkinnon saajaksi.
Decemberundergroundin julkaisun jälkeen AFI on julkaissut vielä kaksi albumia, Crash Love (2009) ja Burials (2013). Bändi on myös kiertänyt laajasti, ja he ovat soittaneet maailman suurimmilla musiikkifestivaaleilla.
AFI:ta pidetään yhtenä punk rock -skenen vaikutusvaltaisimmista bändeistä. Heidän musiikkinsa on inspiroinut muusikoiden sukupolvea, ja he ovat edelleen yksi suosituimmista live-esiintyjistä maailmassa.