Suulliset perinteet: Monissa varhaisissa kulttuureissa musiikki välitettiin suullisesti sukupolvelta toiselle. Tämä tarkoittaa, että musiikki muuttui ja kehittyi jatkuvasti, eikä ole olemassa lopullista kirjaa siitä, miltä se kulloinkin kuulosti.
Muutokset ajan myötä: Varhaisten kulttuurien musiikki on muuttunut merkittävästi ajan myötä. Tämä johtuu useista tekijöistä, kuten kielen, kulttuurin ja soittimien muutoksista. Tästä johtuen on vaikea tietää tarkasti, miltä varhaisten kulttuurien musiikki kuulosti.
Rajallinen määrä arkeologisia todisteita: Arkeologiset todisteet voivat tarjota oivalluksia varhaisten kulttuurien musiikista. Arkeologit ovat esimerkiksi löytäneet tuhansia vuosia vanhoja soittimia, kuten huiluja ja rumpuja. Nämä todisteet ovat kuitenkin usein hajanaisia ja epätäydellisiä, ja voi olla vaikeaa tulkita, kuinka näitä soittimia käytettiin musiikin tekemiseen.
Monipuoliset musiikkiperinteet: Varhaisissa kulttuureissa oli monia erilaisia musiikkiperinteitä, ja jokaisella perinteellä oli omat ainutlaatuiset piirteensä. Tämä vaikeuttaa varhaisten kulttuurien musiikin yleistämistä, sillä yhtenäistä, yhtenäistä musiikkiperinnettä ei ollut olemassa.
Näistä haasteista huolimatta tutkijat ovat voineet oppia paljon varhaisten kulttuurien musiikista. Tutkimalla suullisia perinteitä, arkeologisia todisteita ja muita lähteitä tutkijat ovat saaneet käsityksen musiikin roolista varhaisissa yhteiskunnissa ja tavoista, joilla sitä käytettiin.