Orgaanisten materiaalien hajoaminen: Soittimet ja muut musiikkiin liittyvät esineet, kuten rummut, huilut ja helistimet, valmistetaan usein orgaanisista materiaaleista, jotka hajoavat ajan myötä. Tämä vaikeuttaa näiden esineiden löytämistä ja tutkimista.
Kulttuurimuutokset ja muuttoliikkeet: Kun kulttuurit kehittyvät ja muuttavat, myös niiden musiikilliset perinteet muuttuvat. Tämä vaikeuttaa musiikin kehityksen jäljittämistä ajan mittaan, varsinkin kun kirjallisista levyistä on pulaa.
Arkeologisten todisteiden rajoitukset: Arkeologiset kaivaukset voivat tarjota oivalluksia varhaisten kulttuurien musiikillisiin käytäntöihin, kuten musiikki-instrumenttien löytämiseen tai muusikoiden kuvauksiin taiteessa. Nämä löydöt voivat kuitenkin olla hajanaisia eivätkä välttämättä anna täydellistä kuvaa heidän musiikillisista perinteistään.
Subjektiiviset tulkinnat: Tulkiessaan arkeologisia todisteita tai historiallisia kertomuksia tutkijat voivat tehdä subjektiivisia arvioita näiden löydösten merkityksestä ja merkityksestä. Tämä voi johtaa erilaisiin tulkintoihin ja erimielisyyksiin tutkijoiden kesken.
Salaisuus ja yksinoikeus: Jotkut musiikilliset käytännöt on saatettu pitää salassa tai rajoitettu tiettyihin ihmisryhmiin yhteiskunnassa, mikä vaikeuttaa ulkopuolisten oppia niistä.