* Hubriksen vaarat: Elricin veljesten yritys käyttää alkemiaa äitinsä elvyttämiseen johtaa heidän omaan silpomiseen, mikä korostaa hallitsemattomien kunnianhimojen ja tiedon tavoittelun mahdollisia vaaroja ymmärtämättä sen kaikkia vaikutuksia.
* Totuuden etsintä: Sarja tutkii totuuden luonnetta ja sitä, kuinka sitä voidaan vääristää tai manipuloida, erityisesti armeijan ja valtion alkemistiohjelman yhteydessä.
* Ihmissuhteen ja empatian merkitys: Sarja korostaa ihmissuhteiden arvoa ja sitä, kuinka ne voivat auttaa yksilöitä navigoimaan omien kokemustensa monimutkaisuuden keskellä. Tämä näkyy Elricin veljesten välisissä vahvoissa siteissä sekä erilaisissa suhteissa, joita he solmivat matkansa aikana.
* Tieteen kehityksen eettiset vaikutukset: Fullmetal Alchemist kamppailee tehokkaiden teknologioiden, kuten alkemian, ja mahdollisten väärinkäytösten aiheuttamien eettisten pulmien kanssa. Se rohkaisee katsojia pohtimaan tiedon ja sen sovellusten mukanaan tuomaa vastuuta.
Loppujen lopuksi sarja ehdottaa, että vaikka tiedon tavoittelu on arvokasta, sen on oltava tasapainossa viisauden, empatian ja syvän ymmärryksen kanssa sen mahdollisista vaikutuksista maailmaan ja ympärillämme oleviin.