Ensimmäisen mikroaaltouunin keksi vuonna 1945 Percy Spencer, itseoppinut insinööri Raytheon Corporationissa. Spencer huomasi, että mikroaallot pystyivät lämmittämään ruokaa nopeasti, kun hän kokeili tutkalaitteita. Hän patentoi keksintönsä vuonna 1947, ja ensimmäinen kaupallinen mikroaaltouuni esiteltiin vuonna 1947.
Varhaiset mikroaaltouunit olivat kuitenkin erittäin kalliita ja niitä käytettiin pääasiassa kaupallisissa keittiöissä. Mikroaaltouuneista tuli edullisia kotikäyttöön vasta 1960-luvulla. Vuonna 1967 Amana Corporation esitteli ensimmäisen pöytämikroaaltouunin, Radarangen. Radarange oli menestys, ja mikroaaltouunista tuli nopeasti yleinen laite amerikkalaisissa kodeissa.