Varhaisimmat bongot kehittivät todennäköisesti Kuuban orjuutetut afrikkalaiset, jotka käyttivät niitä musiikin tekemiseen ja itsensä ilmaisemiseen. Ajan myötä bongoista tuli kuubalaisten musiikkigenrejen, kuten son, rumba ja salsa, katkottua. Ne omaksuivat myös muut Latinalaisen Amerikan maat ja levisivät lopulta maailmanlaajuisesti.
Bongo-rummuilla oli merkittävä rooli eri musiikkityylien, mukaan lukien jazzin ja latinalaisjazzin, kehityksessä. 1900-luvun alussa bongot esittelivät jazzmusiikkiin kuuluisat lyömäsoittimet, kuten Chano Pozo ja Tito Puente. Heistä tuli suosittu soitin useissa jazzbändeissä ja ne edistivät jazzin ja latinalaisrytmien fuusiota.
Yhdysvalloissa bongot saivat suosiota 1950- ja 1960-luvuilla osana latinalaisen musiikin räjähdystä. Ne esiintyivät muun muassa Tito Puenten, Machiton ja Celia Cruzin musiikissa. Bongot löysivät tiensä myös rock- ja popmusiikkiin, jossa niitä käytettiin lisäämään kappaleisiin perkussiivista elementtiä.
Nykyään bongot ovat edelleen olennainen instrumentti monissa musiikkilajeissa, mukaan lukien latinalaisessa musiikissa, jazzissa ja erilaisissa populaarimusiikin muodoissa. Niitä käytetään yleisesti lyömäsoitinyhtyeissä, ja ne on myös sisällytetty musiikkikasvatusohjelmiin ympäri maailmaa.
Bongo-rumpujen historia on osoitus niiden monipuolisuudesta, ilmaisukyvystä ja kyvystä tuoda ihmisiä yhteen musiikin avulla. Ne ovat kulttuurivaihdon, luovuuden ja afrokuubalaisen musiikin rikkaiden perinteiden symboli.