- Orkesterimusiikki:
- Brandenburgin konsertos (1721)
- Orkesterisviitit (1720-1723)
- Viulukonsertot (1717-1723)
- Näppäimistömusiikki:
- The Well-Tempered Clavier (1722, 1744)
- Goldbergin muunnelmat (1741)
- Ranskalaiset sviitit (1722-1725)
- Keksinnöt ja sinfoniat (1723)
- Orkumusiikki:
- Toccata ja fuuga d-mollissa (n. 1703-1707)
- Passacaglia ja fuuga c-molli (n. 1708)
- Preludi ja fuuga G-duurissa (n. 1730-1735)
- Laulumusiikki:
- Pyhän Matteuksen passio (1727)
- Pyhän Johanneksen passio (1724)
- Magnificat (1723)
- Jouluoratorio (1734-1735)
- Muut teokset:
- Das Musikalische Opfer (musiikkitarjous) (1747)
- Fuugataide (n. 1749-1750)
- Kantaatit (yli 200)
- Messut (6)