Puupuhaltimien erityinen istuinjärjestely vaihtelee orkesterittain, mutta joitain yleisiä periaatteita noudatetaan. Huilut ja piccolo istuvat yleensä osan etuosassa, ja niitä seuraavat oboet ja englannintorvi. Klarinetit ja bassoklarinetit istuvat tyypillisesti oboeiden takana ja fagottit osan takaosassa.
Puupuhaltimien istumajärjestykseen voi vaikuttaa myös orkesterin koko. Pienessä orkesterissa puupuhaltimet voivat istua kaikki samassa rivissä. Suuremmassa orkesterissa puupuhaltimet voidaan jakaa kahteen tai useampaan riviin.