Petrucci on käyttänyt Ernie Ball Music Man -kitaroita 1990-luvun alusta lähtien, ja hänen tunnusmallinsa ovat maailman suosituimpia kitaroita. Hänen tunnusmalleihinsa kuuluvat John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR ja John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci käytti myös Ibanez-kitaroita 1980-luvulla ja 1990-luvun alussa. Hänen tunnetuin Ibanez-kitaransa on Ibanez RG550, jota hän käytti Dream Theaterin kahdella ensimmäisellä albumilla.
Fender Stratocaster
Petrucci on myös käyttänyt Fender Stratocaster -kitaroita silloin tällöin, erityisesti puhtaiden ja blues-äänien luomiseen.