Josquinin musiikki kattaa suurimman osan 1400-luvun lopulla ja 1500-luvun alussa ajankohtaisista genreistä. Nykyään hänet tunnetaan parhaiten messuistaan ja motetteistaan, joista monia pidetään renessanssin polyfonian mestariteoksina, mutta hänen elinaikanaan häntä luultavasti arvostettiin myös chansonien säveltäjänä; noin seitsemänkymmentä asetusta säilyy, enemmän kuin kukaan muu aikansa säveltäjä. Josquinin musiikki oli kuuluisaa kaikkialla koulutetussa Euroopassa, ja hänestä tuli yksi ensimmäisistä laajalti tunnetuista säveltäjistä antiikin jälkeen.