Gottschalk musiikkia kuvataan usein "nationalistiseksi", koska se sisältää elementtejä amerikkalaista kansanmusiikkia ja populaarimusiikkia. Hän käytti sävellyksissään myös afroamerikkalaisia spirituaaleja ja muita afroamerikkalaisen musiikin elementtejä. Gottschalkin musiikille on usein ominaista synkopoinnin, improvisoinnin ja virtuoosisen pianotekniikan käyttö.
Jotkut Gottschalk tunnetuimmista sävellyksistä ovat "Bamboula", "The Banjo", "The Union" ja "The Last Hope". Kaikki nämä musiikkikappaleet edustavat Gottschalkin ainutlaatuista tyyliä ja hänen sitoutumistaan selkeästi amerikkalaisen musiikin luomiseen.