Vuodesta 1766 kuolemaansa vuonna 1809 asti Haydn työskenteli Kapellmeisterina (musiikkijohtaja) varakkaalle Esterházy-perheelle, joka oli suuria musiikin suojelijoita. Hän vietti suurimman osan urastaan Esterházyn perheen palveluksessa, ensin Schloss Esterházyssa Eisenstadtissa ja myöhemmin Esterházin palatsissa. Kapellmeisterina Haydn vastasi musiikillisen laitoksen kaikista osa-alueista, mukaan lukien musiikin säveltämisestä ja esittämisestä, muusikoiden palkkaamisesta ja irtisanomisesta sekä konserttien järjestämisestä. Hän sävelsi myös monia tunnetuimpia teoksiaan tänä aikana, mukaan lukien "Yllätys"-sinfonia, "Clock"-sinfonia ja "Creation"-oratorio.