Pelin aikana kortit voidaan hylätä useista syistä, kuten:
- Tiettyjen valmentaja- ja Pokemon-korttien pelaaminen, jotka edellyttävät muiden korttien hylkäämistä
- Poisheittäminen tiettyjen hyökkäysten, kykyjen tai vaikutusten seurauksena
- Vapaaehtoinen korttien hylkääminen kädestä korttien nostamiseksi pakasta vuoron lopussa
- Rangaistus tiettyjen pelisääntöjen rikkomisesta, kuten yrittämisestä pelata liikaa perusenergiaa samalla kierroksella.