Kun Wonder Cardia käytetään, se avaa erityisen valikon, josta pelaajat voivat valita tapahtuman tai mysteerilahjan, johon he haluavat päästä. Tapahtumat voivat sisältää erityisiä Pokémon-jakeluja tai haasteita, kun taas mysteerilahjat voivat sisältää esineitä, Pokémoneja tai muita palkintoja.
Käyttääkseen Wonder Cardia pelaajien on varmistettava, että heidän Nintendo DS:nsä on yhteydessä Internetiin tai että paikallinen langaton yhteys on muodostettu. Kun yhteys on muodostettu, he voivat valita Wonder Cardin varastostaan ja aktivoida sen päästäkseen siihen liittyvään tapahtumaan tai Mystery Giftiin.
On syytä huomata, että Wonder Cards -kortit olivat saatavilla vain tietyn ajanjakson aikana ja tiettyihin tapahtumiin tai jakeluihin. Jotkut Wonder-kortit ovat saattaneet vanhentua tai niitä ei ehkä ole enää saatavilla, joten on aina hyvä idea tarkistaa tapahtuman tiedot ja saatavuus ennen kuin yrität käyttää tiettyä Wonder Cardia.