* Tulostus: Joitakin kortteja painettiin erittäin rajoitetusti, kuten promootiokortit tai tietyissä tapahtumissa jaettavat kortit.
* Kunto: Kortin kunto vaikuttaa voimakkaasti sen harvinaisuuteen. Koskematon, uudenveroinen kortti on paljon harvinaisempi kuin voimakkaasti pelattu tai vahingoittunut.
* Painos: Saman kortin eri painoksilla voi olla erilaisia harvinaisuuksia, ja varhaiset painokset ovat usein halutumpia.
* Kysyntä: Myös kortin suosio ja keräilijän kiinnostus voivat vaikuttaa sen koettuun harvinaisuuteen.
Tässä on kuitenkin joitain kortteja, joita pidetään usein harvinaisimpina:
* "Legendaarinen eksodia" -sarja: Tämä viiden kortin sarja on tunnetusti harvinainen, varsinkin "Exodia the Forbidden One" -kortti, koska se oli saatavilla vain "Legend of Blue-Eyes White Dragon" -sarjassa.
* "Super Secret Rare" (SSR) -kortit: Näitä kortteja painettiin alun perin rajoitettu määrä, ja ne ovat erittäin kysyttyjä, etenkin vanhemmissa sarjoissa.
* "Gold Secret Rare" (GSR) -kortit: Nämä kortit otettiin käyttöön "Magician's Force" -sarjassa, ja ne ovat erittäin harvinaisia rajoitetun painosmääränsä vuoksi.
* "Haamuharvinaiset" -kortit: Nämä kortit otettiin alun perin käyttöön "Duelist of the Roses" -sarjassa, ja niillä on ainutlaatuinen holografinen vaikutus. Ne ovat erittäin keräiltäviä ja harvinaisia.
* "Limited Edition" (LE) -kortit: Näitä kortteja painettiin rajoitettu määrä, ja ne jaetaan usein erikoistapahtumissa tai turnauksissa.
Loppujen lopuksi harvinaisin Yugioh-kortti on se, jota on vaikein löytää hyvässä kunnossa ja joka on keräilijöiden haluttu.