Pakassasi olevien korttien määrälle on myös rajoituksia:
* Päätaso: Sinulla voi olla vain kolme kopiota tietystä kortista pääpakallasi lukuun ottamatta perushirviöitä, joilla ei ole rajoituksia (kuten "Elemental HERO Shadow Mist").
* Lisätaso: Lisäpakalla olevien korttien määrä vaihtelee muodon mukaan. Esimerkiksi "Master Duel" -muodossa sinulla voi olla 15 korttia Extra Deckissäsi, kun taas "TCG"-muoto sallii 15 korttia Extra Deckissä.
Muista, että sinulla voi olla vain yksi kopio kortista Extra Deckissä.