Suunnitelma alkaa siitä, että Cyrus valjastaa voimakkaan legendaarisen Pokemon Cresselian ja Darkrain voiman. Cresselian sanotaan hallitsevan kuun voimaa ja pystyvän toteuttamaan toiveita, kun taas Darkrai yhdistetään pimeyteen ja painajaisiin. Yhdistämällä heidän kykynsä Cyrus aikoo luoda vääristymismaailman ja muuttaa todellisuutta.
Saadakseen suunnitelmansa liikkeelle Galaktinen Imperiumi pyrkii hallitsemaan Sinnohin aluetta, jossa Cresselian ja Darkrain sanotaan asuvan. He perustavat erilaisia tukikohtia ympäri Sinnohia ja osallistuvat taisteluihin pelaajahahmoa ja heidän joukkuettaan vastaan. Yksi heidän merkittävistä piilopaikoistaan on Galaktinen pääkonttori Veilstone Cityssä, joka toimii heidän toimintojensa pääkeskuksena.
Kun pelaaja etenee pelissä, hän kohtaa Galaktisen Imperiumin jäseniä ja purkaa suunnitelmansa. Huippuhetki tapahtuu, kun pelaaja saavuttaa Team Galacticin salaisen piilopaikan, Spear Pillarin, jossa Cyrus yrittää luoda vääristymismaailman.
Pelaajan on kohdattava haastavia taisteluita Galactic Grunts, Commanders ja jopa Cyrus itseään vastaan. Jos hän onnistuu voittamaan Cyrusin, hän voi lopulta estää suunnitelmansa loppuun saattamisen ja palauttaa rauhan Sinnohin alueelle.
Pokemon Light Platinum -pelin nerokas suunnitelma toimii keskeisenä tarinana, joka ohjaa pelin juonen, ja luo alustan eeppiselle seikkailulle, joka on täynnä taisteluita, arvoituksia ja kohtaamisia legendaaristen Pokemonien kanssa.