1. Hanki Eon-lippu:
a. Voita Elite Four ja tule Pokémon-mestariksi.
b. Mene Mossdeep Cityn avaruuskeskukseen.
c. Keskustele vasemmalla olevan tiedemiehen kanssa saadaksesi Eon-lipun.
2. Matka Eteläsaarelle:
a. Mene Lilycove Cityn laituriin.
b. Keskustele merimiehen kanssa ja valitse "Eteläsaari".
3. Etsi Rayquaza:
a. Siirry Sky Pillariin.
b. Kiipeä tornin huipulle ja astu huipulla olevaan kammioon.
c. Rayquaza ilmestyy.
4. Tallenna pelisi ennen kuin taistelet Rayquazaa vastaan.
5. Heikennä Rayquaza:
a. Käytä Pokémonia erittäin tehokkailla liikkeillä lohikäärmetyyppejä vastaan, kuten Ice-tyyppisillä liikkeillä.
b. Ota mukaan Pokémon, joka voi alentaa Rayquazan HP:tä ilman, että se pyörtyy.
c. Valmistaudu pitkiin taisteluihin. Rayquazalla on korkea HP ja tilastot.
6. Sukelluspallon tai ultrapallon heittäminen:
a. Sukelluspalloilla on suurempi saalisnopeus Pokémoneille, jotka kohtaavat veden alla.
b. Ultra Ballsilla on korkea saalisprosentti.
c. Jatka sukelluspallojen/ultrapallojen heittämistä, kunnes Rayquaza on kiinni.
7. Jatka nollausta, kunnes kohtaat kiiltävän Rayquazan.
Huomaa: Kiiltävällä Pokémonilla on erittäin alhainen kohtaamisprosentti, joten voi kestää useita yrityksiä ennen kuin kohtaa kiiltävän Rayquazan.