1. Dialga vapauttaa Time Gearsin, jonka hän oli imenyt, palauttaen ajan kulun normaaliksi.
2. Pelaaja ja hänen kumppaninsa palaavat Treasure Towniin.
3. Dialga ilmestyy ja selittää pelaajalle ja hänen kumppanilleen, että hänen toimintansa olivat välttämättömiä suuremman katastrofin estämiseksi. Hän paljastaa, että "pimeänä aineena" tunnettu voima on manipuloinut aikaa ja aiheuttanut erilaisia vääristymiä ja häiriöitä maailmassa.
4. Dialga veloittaa pelaajan ja hänen kumppaninsa pimeän aineen pysäyttämisellä.
5. Tämän keskustelun jälkeen tarina jatkuu, kun pelaaja ja hänen kumppaninsa tutkivat vankityrmiä, taistelevat Pokemoneja vastaan ja värväävät uusia tiimin jäseniä, kun he pyrkivät paljastamaan totuuden Dark Matterin takana ja lopettamaan sen ilkeät suunnitelmat.