Vaikka Master Ball on peruspeli useimmissa Pokemon-peleissä, se puuttuu erityisesti Pokemon Colosseumista ja sen jatko-osasta, Pokemon XD:Gale of Darknessista. Tämä päätös tehtiin todennäköisesti korostaakseen pelin keskittymistä Pokemonien kaappaamiseen "Snap"-järjestelmän avulla, mikä tarkoittaa Pokemonien päättäväisyyden heikentämistä sen sijaan, että ne vain tyrmätään.
Mestaripallon puuttuminen Colosseumista ja XD:stä lisää pelin ainutlaatuista haastetta ja rohkaisee pelaajia hallitsemaan Pokemonien vangitsemisen ilman tämän ylivoimaisen esineen apua.