1. Autobottien ja Decepticonien saapuminen: Tarina alkaa siitä, että Optimus Primen johtamat Autobotit ja Megatronin johtamat Decepticons törmäävät maahan etsimään AllSparkia, voimakasta kuutiota, joka voi antaa elämän ja luoda uusia maailmoja.
2. Sam Witwickyn AllSparkin hankinta: Sam, nuori ja tavallinen teini-ikäinen, hankkii vahingossa AllSparkin, ja siitä tulee Decepticonien pääkohde. Hän kiinnittää tietämättään molempien ryhmien huomion ja käynnistää tietämättään tapahtumaketjun.
3. Decepticons' Hunt for the AllSpark: Megatron ja hänen joukkonsa Starscreamin johdolla ajavat säälimättömästi Samia takaa saadakseen AllSparkin. He sieppaavat hänen tyttöystävänsä Mikaelan houkutellakseen hänet ansaansa.
4. Autobottien väliintulo ja liittouman muodostaminen: Optimus Prime ja Autobotit tulevat Samin avuksi taistelemaan Decepticoneja vastaan suojellakseen häntä ja AllSparkia. He perustavat väliaikaisen liiton Yhdysvaltain armeijan kanssa, joka alun perin näkee heidät muukalaisuhiksi.
5. Kasvava uhka ja taistelu Mission Citystä: Decepticonien yritykset saada AllSpark takaisin ovat yhä epätoivoisempia ja tuhoisampia. Lopulta he hyökkäävät Mission Cityn kaupunkiin luoden massiivisen taistelukentän ja vaarantaen viattomia ihmishenkiä.
6. Huippukohtaus Hooverin padolla: Autobotit ja Decepticonit kohtaavat viimeisen välienselvittelyn Hooverin padolla, jossa he taistelevat saadakseen AllSparkin hallintaansa. Tästä taistelusta tulee tarinan käännekohta, joka nostaa konfliktin huipulle.
7. Optimus Primen uhraus: Keskellä taistelua Optimus Prime uhraa itsensä tuhotakseen AllSparkin, eliminoiden Decepticonien lopullisen tavoitteen ja jättäen Autobotit haavoittuviksi.
Tämä tapahtumasarja huipentuu huipentumaan, jossa Autobotit joutuvat suremaan Optimus Primea ja kohtaamaan tekojensa seuraukset, mikä luo pohjan muulle Transformers-sarjalle.