1. Kerää seitsemän kaaossmaragdia: Nämä ovat hajallaan pelin eri tasoilla, ja tarvitset niitä kaikkia päästäksesi viimeiseen taisteluun.
2. Kohta Dark Gaia pelin lopussa: Kun olet kerännyt kaikki seitsemän Chaos-smaragdia, kohtaat Dark Gaian todellisessa muodossaan, massiivisen, monipäisen pedon.
3. Käytä Chaos Emeraldsin voimaa: Käytät smaragdien yhdistettyä voimaa Dark Gaian puhdistamiseen. Tämä edellyttää "Super Sonic" -lomakkeen käyttöä, joka avataan keräämällä kaikki seitsemän Chaos Emeraldia.
4. Suorita puhdistus: Super Sonic -muodossa pääset valloilleen voimakkaan hyökkäyksen Dark Gaiaa vastaan. Tämä hyökkäys ei tapa Dark Gaiaa, vaan sen sijaan puhdistaa sen palauttaen tasapainon maailmaan ja palauttaen sen alkuperäiseen muotoonsa.
Pelin tarina keskittyy ajatukseen ennallistamisesta suoran tappamisen sijaan. Dark Gaia, vaikkakin tuhoisa, on viime kädessä osa maailman tasapainoa, ja tavoitteena on palauttaa se oikealle paikalleen.